Фамилия Алапин — одна из тех, чья основа вызывает споры. В ней отчетливо слышен корень «алап», но что он означал в древнерусском языке, однозначного ответа нет. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, типичную для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а/-я. Значит, предка звали Алапа.

Самая распространенная версия связывает прозвище Алапа с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «алап» означает «богатырь», «силач» или «огромный человек». Это вполне могло быть прозвищем для видного, рослого человека или воина. Учитывая активные контакты русских княжеств с тюркскими народами, такое заимствование в прозвищах не редкость. В этом случае фамилия Алапин — аналог более известных фамилий Богатырёв или Силаев, только с иной языковой основой.

Менее вероятная, но существующая гипотеза выводит «алап» из диалектного русского слова. В некоторых говорах «алапа» могла означать нечто несуразное, неопрятное или даже глуповатого человека. Однако эта версия слабо подтверждена словарями. Ономасты, например, Б. Унбегаун, склоняются к тюркскому происхождению, так как для чисто славянских корней с таким звучанием нет убедительных лексических параллелей.

Примечательно, что фамилия Алапин почти не встречается в центральных и северных областях России. Основной ареал её бытования — Поволжье, Урал и Сибирь. Это регионы, где исторически плотно пересекались русские и тюркские народы, что косвенно подтверждает версию о «богатырском» прозвище. Фамилия осталась достаточно редкой, не став массовой, в отличие от своих однокоренных «собратьев» с тем же корнем, но другими суффиксами — например, Алапов или Алапкин.