Фамилия Алдаркин образована от просторечной формы казахского мужского имени Алдар — Алдарка. В основе лежит слово, которое переводится как «плут, обманщик». В казахском фольклоре есть знаменитый персонаж Алдар Косе — «веселый обманщик», хитрец и балагур, который всегда выходит сухим из воды. Именно этот образ, скорее всего, и повлиял на значение имени: его давали не в осуждение, а с надеждой на сметливость и удачливость ребенка.

Фамилия построена по простой и распространенной модели: к основе Алдар- добавился суффикс -к- (указывающий на краткую, обиходную форму имени), а затем — фамильный суффикс -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на -а, -я, указывая на принадлежность: «чей?» — Алдаркин, то есть сын или потомок Алдарки. Эта модель типична для фамилий, которые возникли в среде, где русская ономастическая традиция взаимодействовала с тюркской.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был русским или обрусевшим человеком, получившим прозвище Алдарка из-за контактов с казахами или под влиянием степного фольклора. Фамилия не относится к числу дворянских или старомосковских — она бытовала преимущественно в южнорусских и поволжских регионах, где было смешанное население. Встречаются варианты написания с одной «л» (Адаркин), но исходная форма с удвоенной «л» более точно передает корень.

Другие версии, например, связь с арабским «алдар» (не подтверждено словарями) или с тюркским титулом (слишком натянуто), выглядят слабыми. Основная и самая убедительная гипотеза — через имя Алдар из казахского фольклора.