Фамилия Алеферкин — типичный пример того, как церковное имя превращалось в обиходное прозвище, а затем закреплялось в роду. Её основа — имя Алеферка, народная форма канонического имени Елевферий. В греческом языке ἐλεύθερος означает «свободный», и это значение заложено в корне.

Имя Елевферий давали в честь нескольких раннехристианских святых, самый известный из которых — епископ Иллирийский, погибший за веру во II веке. В русской бытовой традиции длинные греческие имена часто сокращали и адаптировали: так Елевферий превратился в Алефера, а затем в ласкательное Алеферка. Суффикс -к- в таких именах указывал на уменьшительную или обиходную форму, которая в деревнях почти полностью вытеснила полное имя.

Фамилия образовалась по стандартной русской модели: к основе Алеферк- добавили притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — то есть «сын Алеферки». Такая модель была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов. Если бы имя звучало как Алефер, фамилия, скорее всего, стала бы Алеферов, но форма на -ин закрепилась именно из-за конечного -а в исходном имени.

Точное место возникновения фамилии Алеферкины установить сложно: процесс перехода от отчества к наследственной фамилии шёл несколько столетий, и такие «простые» фамилии могли независимо появиться в разных регионах. Но сама фамилия — живой след того, как редкое церковное имя обжилось в русской речи, обросло суффиксами и дошло до наших дней.