Фамилия Алеференко — украинская по модели образования, но с основой, уходящей в греческую ономастику. Суффикс -енко указывает на типично украинскую патронимическую форму: так называли сына или потомка человека, чьё имя или прозвище стало корнем фамилии. В данном случае основа — Алефер.

Происхождение основы неочевидно. Самая вероятная версия — это народная, разговорная форма крестильного имени Елевферий (от греческого «элевтерос» — свободный). В русской и украинской традиции это имя давало множество производных: Олефер, Алефер, Елефер. Отсюда же фамилии Алеферов, Олеференко, Елеферин. Алеференко, таким образом, означает «потомок Алефера», то есть сын человека, которого в быту звали Алефером — сокращённо от Елевферия.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает фамилию с редким греческим именем Алеферий, которое тоже могло трансформироваться в просторечное Алефер. Подкрепить эту гипотезу данными массового распространения сложно: имя Елевферий было более употребительным в православных святцах.

Географически фамилия Алеференко тяготеет к восточным и центральным областям Украины, откуда в XIX–XX веках вместе с миграционными волнами попала на Кубань и в южные регионы России. Встречаемость фамилии невысокая — это редкий вариант на фоне массовых Алеференко-соседей вроде Алещенко или Алефиренко.

Что касается социального контекста: носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или казацкой среды. Суффикс -енко в украинской антропонимии XVII–XVIII веков активно использовался именно в среде свободных людей — казаков и мещан, а не только крепостных крестьян. Так что предок-Алефер мог быть не просто крестьянином, а, например, реестровым казаком или ремесленником.