Фамилия Алекинов — нечастая, и её разбор сразу уводит в сторону от привычной схемы «имя + -ов». Здесь форма на -ов скрывает не прямое отчество от крестильного имени, а более длинную цепочку, что встречается реже. Самая надёжная версия — происхождение от имени Алексей через его уменьшительную форму Алёха. В русских говорах Алёха, Алёшка — это Алексей. Далее от Алёхи с помощью суффикса -ин образовалось отчество Алехин (буквально «сын Алехи»), а от него уже пошла фамилия Алекинов. Схема проста: Алёха → Алехин → Алекинов. Фактически это «внучья» фамилия, указывающая на внука человека по имени Алеха. Суффикс -ов в данном случае присоединился к готовому отчеству, что типично для поздних фамилий второй половины XIX века, когда модель на -ов стала доминирующей и вытесняла более ранние формы на -ин.

Есть и менее очевидный, но более редкий вариант. В некоторых северных и сибирских говорах слово «алёка» означало человека, который часто повторяет «алё» (оклик) или вообще любит поговорить, покричать. В этом случае Алека — прозвище, Алекин — его сын, а Алекинов — потомок Алекина. Такая цепочка объясняет, почему фамилия не получила широкого распространения: прозвищная основа «алека» локальна и редка, а имя Алексей, напротив, было повсеместным. Так что первая версия — с Алёхой — выглядит правдоподобнее.

В написании фамилии есть особенность: корень «алек-» не стоит путать с «олек-» (от Олег). Встречающееся иногда написание через «о» — Олекинов — скорее всего, результат диалектного «аканья» или ошибки писаря, но в основе всё равно лежит «алека» или «Алёха». По географии фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где имя Алексей было особенно популярно, но нигде не образует плотных гнёзд — это редкая фамилия, что подтверждает её «внучью» модель: такие фамилии закреплялись за одной семьёй и не тиражировались в масштабах деревни. Сословно предки Алекиновых, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилия образована по модели, которая стала массовой после отмены крепостного права, когда бывшим крепостным давали фамилии по именам отцов или дедов. Таким образом, первый носитель фамилии Алекинов — это сын или внук крестьянина по имени Алёха, то есть Алексея.