Фамилия Алеков образована от имени Алек — краткой формы канонических имён Алексей или Александр. В первом случае исходное древнегреческое значение — «оберегающий», во втором — «защитник людей». Оба корня говорят о покровителе, охранителе, что придаёт фамилии древнюю смысловую нагрузку: предок носителя мог быть назван в честь святого или просто в быту сокращён до звучного Алек.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: к основе Алек добавлен суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Алека). Такая патронимическая схема (от отчества) в XVI–XVII веках закрепилась сначала в среде служилых людей, а затем и у крестьян. Интересно, что суффикс -ов, а не -ин, хотя имя Алек заканчивается на согласный — это стандартный вариант для имён, оканчивающихся на твёрдый согласный (ср. Петров, Иванов). Если бы исходная форма была Алека (женское или уменьшительное), фамилия звучала бы как Алекин.

Спорный момент: некоторые исследователи допускают, что Алек могло быть не только сокращением от Алексей/Александр, но и самостоятельным прозвищем от диалектного «алек» (в ряде говоров — «обманщик», «плут»), однако эта версия менее убедительна: в ономастических трудах, например у Б. Унбегауна, такие прозвищные основы для фамилий на -ов редки и обычно фиксируются в иной фонетической форме. Правдоподобнее считать фамилию Алеков прямым патронимом от популярных крестильных имён.

Географически фамилия встречается преимущественно в южнорусских и украинских областях, а также у болгар (где Алек — самостоятельное имя, а не сокращение). Это делает её неоднородной: русские Алековы, скорее всего, потомки Алексея или Александра, тогда как болгарские — потомки человека по имени Алек. В отличие от фамилий на -ский, Алеков не указывает на географическое происхождение или сословную принадлежность — это чисто родовое именование, распространённое в разных социальных слоях.