Фамилия Алексинцев образована по модели, характерной для русского севера и некоторых центральных областей: суффикс -ев- здесь указывает на принадлежность, а конечное -ц- — на прозвище, обозначающее выходца из определённой местности. В основе фамилии лежит прозвище Алексинец. Так называли человека, родом из одного из многочисленных сел и деревень с названием Алексино — такие топонимы встречаются в Тверской, Ярославской, Костромской и других областях.

Само название Алексино — притяжательное прилагательное от крестильного имени Алексей (древнегреческое «алексиос» — оберегающий, защитник). То есть изначально Алексино означало «селение Алексея» или «земля, принадлежащая Алексею». Прозвище Алексинец, в отличие от фамилии Алексин, прямо указывало на географическое происхождение человека: «он из Алексина».

Фамилия Алексинцев — патронимическая по суффиксу, но топонимическая по корню. Она буквально означает «потомок Алексинца». Такая двойная словообразовательная цепочка (топоним → прозвище → фамилия) встречается реже, чем прямая фамилия на -ов/-ев от того же топонима. Если бы предка звали просто Алексин, потомки стали бы Алексиными. Форма Алексинцев говорит о том, что прозвище Алексинец закрепилось за конкретным человеком как устойчивое именование, и уже от него образовали фамилию.