Фамилия Алексишина — притяжательное прилагательное, которое отвечает на вопрос «чья?». В крестьянской среде, где до реформ XIX века не было единого фамильного учёта, женщину могли записать в документах просто как Алексишина — «дочь или жена Алексиши». Само имя Алексиша — разговорная, уменьшительно-ласкательная форма имени Александра. В русской ономастике это довольно редкий случай: суффикс -иш- чаще встречается в белорусских и украинских фамилиях (например, Костиша, Павлиша), а в русском языке он закрепился в качестве прозвищного или семейного именования.

Есть и вторая версия: Алексиша могла быть диалектной формой от имени Алексей (Алекса, Алексик). В таком случае фамилия становилась отчественной — «сын Алексиши» или «внук Алексиши». Спор между двумя версиями решается в пользу женской основы. Дело в словообразовательной модели: суффикс -ишин (с «и») чаще образуется от мужских имён (Ильишин, Кузьмишин), а -ишина — от женских, где конечная «а» сохраняется (Алексиша → Алексишина). То есть фамилия прямо указывает на родство по женской линии.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и белорусским областям — Брянщине, Смоленщине, Могилёвщине, где подобные формы имён были в ходу до середины XX века. В центральных и северных губерниях России предпочтение отдавали суффиксам -ин и -ов, поэтому Алексишина встречается там редко. Никакого отношения к греческому имени Алексий (Алексий → Алексиев) фамилия не имеет — это народная, а не церковная модель. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века носители фамилии чаще всего числились государственными крестьянами или однодворцами, то есть людьми, не знавшими крепостной зависимости.