Фамилия Алексишин — один из вариантов отчества, образованного от народной формы крестильного имени Алексей. В основе лежит имя Алексиша: уменьшительно-ласкательный вариант, который в быту звучал проще и короче официального. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Алексишин, то есть сын или потомок Алексиши. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В отличие от более распространённых фамилий на -ов (Алексеев, Алексанов), форма Алексишин встречается реже и закрепляет именно конкретный уменьшительный вариант имени.

Само имя Алексей восходит к древнегреческому «алексо» — «защищать», «оберегать». Поэтому Алексиша в буквальном смысле — «маленький защитник», а фамилия Алексишин — «потомок того, кого называли защитником». В быту такие формы часто возникали в среде, где имя Алексей было одним из самых распространённых, но требовало различий между однофамильцами: в одной деревне могли жить Алексей Иванов и Алексей Петров, но Алексишей звали только одного.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где суффикс -ин в отчествах от имён на -а был нормой. Встречается она и в Беларуси, и на юге России, но не образует крупных гнёзд. Сословных данных по фамилии Алексишин мало: скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, так как в дворянской среде предпочитали полные формы имени. В написании возможны колебания — Алексишин или Алексишен, но первый вариант фиксирует твёрдое произношение суффикса, характерное для северных и центральных говоров.