Фамилия Алекьян — редкий пример того, как армянская патронимическая модель почти без изменений вошла в русскую фамильную систему. Её основа — личное имя Алек, краткая форма от древнегреческого Александрос («защитник мужей»). В армянском языке суффикс -ян (в диалектах -янц) указывает на принадлежность к роду: Алекян означает «из рода Алека». В русской записи фамилия получила привычное окончание -ан, которое в быту путают с русским суффиксом прилагательных, хотя по сути это тот же армянский показатель.

Встречаются два варианта написания: Алекян (через -я-) и Алекьян (с твёрдым знаком). Второй вариант — результат адаптации к русской орфографии XIX — начала XX века, когда твёрдый знак ставили после согласных перед йотированными гласными для сохранения произношения. По сути, это однофамильцы, разошедшиеся из-за канцелярской записи в метрических книгах.

Географически фамилия тяготеет к Ростовской области и Краснодарскому краю — регионам, где сформировались крупные армянские общины (Нахичевань-на-Дону, Армавир). В Армении фамилия Алекян распространена шире, но вариант с твёрдым знаком — почти исключительно российский феномен.

По социальному происхождению носители фамилии в Российской империи чаще всего относились к мещанскому или купеческому сословию: армяне, переселившиеся в южные губернии, активно занимались торговлей и ремёслами. Дворянских корней у Алекьян нет — армянские фамилии с суффиксом -ян редко попадали в российские родословные книги, если только семья не получала личное дворянство по чину или ордену.

В редких случаях основой могло стать тюркское имя Алек (с ударением на второй слог) — в татарском и башкирском языках оно означает «первый». Но для фамилии Алекьян эта версия маловероятна: суффикс -ян однозначно указывает на армянскую модель, а тюркские фамилии образуются иначе (через -ов, -ев, -ин). Таким образом, Алекьян — фамилия-маркер: она сразу говорит об армянских корнях предка по имени Алекс (или Александр), который жил в южнорусских землях и чью фамилию записали с твёрдым знаком по старой орфографии.