Фамилия Алёнущкина — редкий случай, когда в основе лежит не каноническое имя, а народная, почти сказочная форма. Исходное слово — Аленушка, уменьшительно-ласкательное от имени Елена. В русском языке имя Елена дало множество производных: от простого Алёна до ласковых Алёнушка, Алёнущка. Форма «Алёнущка» с суффиксом -ушк- и последующим смягчением «ш» в «щ» — диалектная черта, характерная для северных и северо-западных говоров. Там звук «ш» перед «к» нередко переходил в мягкий «щ»: «Машка» произносили как «Мащка», а «Алёнушка» — как «Алёнущка». Именно эта особенность и закрепилась в фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Алёнущкин — значит «сын (или потомок) Алёнущки». Такая модель образования типична для русских фамилий от женских прозвищ или имен, особенно если женщина была главой семьи или её имя служило для идентификации рода в быту. В крестьянской среде XVII–XIX веков фамилии на -ин от женских основ не редкость: они возникали, когда отца не было в живых, или когда прозвище матери становилось более узнаваемым, чем имя мужа.

Мужской вариант фамилии — Алёнущкин. Женский — Алёнущкина. Фамилия встречается крайне редко, в основном в документах по Архангельской, Вологодской и Кировской областям — то есть именно там, где «щ» вместо «ш» было бытовой нормой. Носители фамилии, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников из тех мест, где в обиходе сохранялась архаичная форма имени.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Алёнушкин, Аленин, Алёнов) показывает, что вариант с «щ» — самый редкий и локальный. Если Алёнушкины встречаются чаще и рассеяны шире, то Алёнущкины — почти всегда маркер конкретного говора. Споров о происхождении здесь нет: основа прозрачна, а необычное написание — не ошибка, а живое отражение диалекта, который почти исчез из речи, но остался в фамилии.