Фамилия Алганаев — редкий случай, когда географический ключ к происхождению лежит почти на поверхности, но не в русском, а в тюркском ареале. Её основа — слово «алган» из тюркских языков, где оно означает «взятый» или «полученный». Если смотреть шире, в ряде тюркских наречий «алга» — это «вперёд» или «перед», а в некоторых диалектах башкирского и татарского слово «алган» могло осмысляться как «взятый из рода» или даже «усыновлённый».

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который в данном случае присоединился к основе на согласный (-ев, а не -ов, так как в исходной форме «Алган» конечный звук мягкий или шипящий). Эта модель — типичный признак позднего закрепления фамилии у тюркоязычных народов, принявших православие или вошедших в состав русского государства: родовое или личное имя превращали в фамилию по общерусскому образцу.

Самый вероятный путь появления фамилии — от имени-прозвища Алган. В тюркской среде такое имя могли дать ребёнку, которого «взяли» в семью после смерти родителей, либо младшему сыну, которого «взяли» на воспитание старшие. Встречается и версия, что Алган — это сокращение от сложных имён типа Алганазар («взгляд вперёд»), но она менее убедительна: фиксация фамилий обычно идёт от более простых, бытовых прозвищ.

Ареал фамилии тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и Татарстану, реже встречается в Западной Сибири. Носители Алганаевых — это, скорее всего, потомки башкирских или татарских служилых людей, казаков или крестьян, получивших фамилию в XVIII–XIX веках при переписях. Сословного барьера фамилия не знала: её могли носить и рядовые общинники, и старшины.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в одном ряду с Алганов, Алгазин и Алгаев — все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами. Алганаев — самая редкая из этой группы, что указывает на узкое локальное бытование, возможно, в одном-двух селениях.