Фамилия Аликсеев — редкий и неочевидный случай. На первый взгляд она напоминает искажённое написание распространённой фамилии Алексеев, но это не опечатка и не вариант произношения. Скорее всего, перед нами самостоятельная фамилия, образованная от прозвища или имени, которое не связано с именем Алексей.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Аликсеев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Аликсе́й. Само прозвище могло возникнуть в говорах, где звук «с» смягчался или заменялся. В русских диалектах известно слово «алик» — так в некоторых областях называли нелюдимого, угрюмого человека или, наоборот, шалуна и проказника (ср. «аликоватый» — странный, чудной). Соответственно, Аликсе́й — это человек, обладающий таким качеством, а фамилия Аликсеев — «сын Аликсея».

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: фамилия могла возникнуть из тюркского имени Алик (от арабского «али» — высокий, возвышенный) с добавлением русского суффикса -ев. В таком случае Аликсеев — это «сын Алика», а форма с -се- могла появиться под влиянием привычного Алексеев. Однако эта гипотеза требует подтверждения конкретными записями в метриках, которых в открытых источниках по этой фамилии крайне мало.

География бытования фамилии Аликсеев узкая. Встречается она преимущественно в центральных и южных областях России (Тульская, Рязанская, Липецкая области), а также в Поволжье. Это говорит о том, что фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с каноническими именами.

В отличие от фамилий на -ов/-ев от крестильных имён (Иванов, Петров), Аликсеев стоит особняком. Её основа — не церковное имя, а бытовое прозвище, которое закрепилось за родом. Предки носителей этой фамилии, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу, а не по имени отца. Точных данных о сословии нет, но сам тип образования (прóзвище + суффикс) характерен для непривилегированных слоёв населения XVII–XIX веков.