Фамилия Алишбекова — женская форма, а мужской вариант, Алишбеков, образован от составного тюркского имени Алишбек. В основе лежат два компонента: «Алиш» — уменьшительная или диалектная форма арабского имени Али (высокий, возвышенный) и «бек» — древний тюркский титул, означающий «господин», «князь», «владыка». В именах народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии «бек» часто превращался в компонент, указывающий на знатное происхождение или уважение к носителю.

Словообразовательная модель проста: к основе Алишбек добавили русский патронимический суффикс -ов, который в XIX–XX веках закрепился у многих тюркских фамилий при русификации. Суффикс -а в женском варианте указывает на принадлежность к роду (дочь или жена Алишбека). Сама фамилия — типичный пример того, как исламское имя (Али) слилось с тюркским социальным маркером (бек), а затем оформилось по русской грамматике.

Географически фамилия Алишбекова встречается среди народов, где распространены тюркские языки и ислам: в первую очередь в Дагестане (особенно у кумыков, лезгин, аварцев), в Чечне, а также в Татарстане и Башкортостане. Встречается она и у казахов, но реже — там более типична форма Алишбек без русификации.

Мужская форма Алишбеков могла принадлежать потомкам человека, которого в общине называли Алишбек. Это прозвище или имя указывало на уважаемого старейшину, военачальника или зажиточного землевладельца. В дореволюционной России такие фамилии часто получали представители сельской знати (уздени у кумыков, старшины у татар), но не обязательно — имя могли дать и простолюдину в честь деда или религиозного авторитета.

Спорных версий у этой фамилии почти нет: состав и корни прозрачны. Единственный нюанс — иногда «Алиш» путают с тюркским глаголом «алыш» (взаимодействие, обмен), но в антропонимике это имя восходит именно к арабскому Али, а не к тюркской лексике.