Фамилия Алишунина сразу привлекает внимание нетипичным для русского уха звучанием. Её основа восходит к личному имени Алишун — скорее всего, тюркской или арабо-тюркской уменьшительно-ласкательной форме от имени Али (араб. «возвышенный», «великий»). Суффикс -ун- в тюркских языках придаёт именам оттенок близости или служит для образования производных форм (как в именах Рахматун, Хайрун). Алишун — это «маленький Али» или «Али, которого любят».

Фамилию образовали по русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Алишунин, то есть «сын Алишуна» или «потомок Алишуна». Женская форма Алишунина — естественное окончание для фамилий этого типа, обозначающее жену или дочь Алишунина. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья, где личные имена тюркского и арабского происхождения адаптировались к русской грамматике.

Географически фамилия встречается в основном в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях. В XVI–XIX веках там активно шёл процесс христианизации и русификации: бывшие мусульмане получали православные имена, но в быту и документах долго сохраняли старые родовые прозвища. Алишунина — живой след этого сложного культурного переплетения.

Фамилия редкая. Её носители — потомки людей, чей предок носил имя Алишун, которое само по себе уже было уменьшительной формой. В этом смысле Алишунина стоит в одном ряду с фамилиями Алишев и Алиев, но отличается именно суффиксом -ун-, который придаёт ей особый, «домашний» оттенок. Если вы встречаете эту фамилию, перед вами, скорее всего, потомок человека, которого в семье ласково звали Алишун — «маленький Али».