Фамилия Алишунина — одна из тех, что сразу привлекает внимание своим нетипичным для русского уха звучанием. Её основа явно восходит к личному имени Алишун. Это имя, скорее всего, является тюркской или арабо-тюркской уменьшительной или ласкательной формой от имени Али (араб. «возвышенный», «великий»). Суффикс -ун- в тюркских языках часто придаёт именам оттенок близости, ласки или просто служит для образования производных форм, как, например, в именах Рахматун, Хайрун. Таким образом, Алишун — это «маленький Али» или «Али, которого любят».

Фамилия образована по русской модели с помощью суффикса -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Алишунин, то есть «сын Алишуна» или «потомок Алишуна». Женская форма Алишунина — это естественное окончание для фамилий данного типа, указывающее на жену или дочь Алишунина. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или других народов Поволжья и Приуралья, где личные имена тюркского и арабского происхождения адаптировались к русской грамматике.

Географически фамилия Алишунина встречается в основном в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях. Это не случайно: именно там в XVI–XIX веках активно шёл процесс христианизации и русификации местного населения, когда бывшие мусульмане получали православные имена, но в быту и в документах долго сохраняли старые родовые прозвища. Фамилия Алишунина — живой след этого сложного культурного переплетения.

Стоит отметить, что фамилия довольно редкая. Её носители — это, как правило, потомки людей, чей предок носил имя Алишун, которое само по себе уже было уменьшительной формой. В этом смысле Алишунина стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Алишев, Алиев, но отличается именно суффиксом -ун-, который придаёт ей особый, «домашний» оттенок. Если вы встречаете эту фамилию, перед вами, скорее всего, потомок человека, которого в семье ласково звали Алишун — «маленький Али».