Фамилия Алишутин — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская или арабо-персидская, а суффикс — однозначно русский. Это указывает на адаптацию прозвища или имени в русской среде. Ключ к разгадке — в корне «Алиш». Это может быть усечённая форма тюркского имени Алишер (от арабского «Али» — возвышенный и персидского «шер» — лев, то есть «лев Али») или самостоятельное имя Алиш, распространённое у татар и башкир. В любом случае, основа восходит к имени Али — одному из самых почитаемых в исламе сподвижников пророка Мухаммеда.

Суффикс «-утин» — не просто вариант суффикса принадлежности «-ин», а его диалектная форма, характерная для северных и северо-восточных русских говоров. Сравните: Алишутин — буквально «сын Алиша». Такая же модель встречается в фамилиях Шишутин, Сашутин, где основа — уменьшительное имя. Версия о происхождении от прозвища Алишут, где «-шут» могло быть диалектным словом (шут, балагур), маловероятна: в русских говорах нет устойчивого корня «алиш-» со значением, которое легко стало бы прозвищем. Куда логичнее, что перед нами «обрусевшая» тюркская фамилия.

С географией сложно: фамилия крайне редкая, в доступных списках встречается единично. Можно предположить, что предки Алишутиных — крещёные татары или выходцы из Поволжья, которые осели в русских землях, возможно, на севере или Урале. Сословно это могли быть как крестьяне, так и служилые люди (например, толмачи или казаки), принявшие православие и получившие фамилию по отцу. Таким образом, Алишутин — это не «сын шута», а «внук Алиша», что связывает фамилию с мусульманской традицией, но в её русской, грамматически переработанной форме. Это типичный пример, как иноязычное имя становилось русской фамилией через патронимический суффикс.