Фамилия Альшагиров образована от тюркского имени или прозвища, в основе которого лежит слово «алшагыр» или близкое к нему по звучанию. В тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, «ал» означает «передний», «главный», а «шагыр» (или «шакир») — «ученик», «послушник» (арабское заимствование через ислам). Таким образом, исходное прозвище Альшагыр могло означать «главный ученик» или «первый среди учеников» — возможно, так называли старшего подмастерья, способного ученика медресе или человека, который в общине считался образцом для подражания.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, которая в Поволжье и на Урале закрепилась за тюркскими основами в XIX — начале XX века, когда шёл массовый учёт населения. Фамилия Альшагиров, скорее всего, сложилась именно в этот период: к имени или прозвищу предка добавили русский патронимический суффикc, и она стала передаваться по мужской линии как наследственная.

Географически фамилия тяготеет к Башкортостану, Татарстану и Оренбуржью. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от конкретного рода в одном селе или ауле. В отличие от массовых фамилий вроде Ахметов или Ибрагимов, Альшагиров сохранил более редкую основу, которая может быть связана либо с социальным статусом предка (ученик, последователь), либо с личным прозвищем, данным за усердие в учёбе.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла произойти от географического названия — например, от урочища или речки с корнем «ал-шагыр». Но письменных подтверждений этому нет, а имя-прозвище остаётся более надёжным объяснением. В любом случае, фамилия указывает на тюркские корни носителей и на то, что предки были мусульманами, жившими в среде, где русская административная машина оформила их родовое имя по привычной модели.