Фамилия Альшагиров — тюркская по происхождению, но оформленная по русской модели. Её основа восходит к прозвищу или имени Альшагыр, которое складывается из двух частей. В башкирском и татарском языках «ал» означает «передний», «главный», а «шагыр» (вариант «шакир») — это арабское заимствование через ислам, означающее «ученик», «послушник». Таким образом, исходное прозвище Альшагыр могло означать «главный ученик» или «первый среди учеников». Вероятно, так называли старшего подмастерья, способного ученика медресе или человека, который в общине служил образцом для подражания.

Суффикс -ов указывает на патронимическую модель, которая в Поволжье и на Урале закрепилась за тюркскими основами в XIX — начале XX века, когда шёл массовый учёт населения. Фамилия Альшагиров сложилась именно в этот период: к имени или прозвищу предка добавили русский суффикс, и она стала передаваться по мужской линии как наследственная.

Географически фамилия тяготеет к Башкортостану, Татарстану и Оренбуржью. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от конкретного рода в одном селе или ауле. В отличие от массовых фамилий вроде Ахметов или Ибрагимов, Альшагиров сохранил более редкую основу, которая может быть связана с социальным статусом предка (ученик, последователь) или с личным прозвищем, данным за усердие в учёбе.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла произойти от географического названия — урочища или речки с корнем «ал-шагыр». Но письменных подтверждений этому нет, а имя-прозвище остаётся более надёжным объяснением. В любом случае, фамилия указывает на тюркские корни носителей и на то, что предки были мусульманами, жившими в среде, где русская административная машина оформила их родовое имя по привычной модели.