Фамилия Альшаков — одна из тех, что указывает на место, откуда родом был её первый носитель. В её основе лежит не личное имя и не профессия, а географическое название — село или деревня. Сёла с корнем альш- (Альша, Альшев, Альшево) встречаются в Белоруссии, а с корнем ольш- (Ольша, Ольшев, Ольшево) — на Украине и в Польше. Чередование гласных «о» и «а» в начале слова объясняется влиянием акающих говоров: на слух «Ольша» и «Альша» звучали почти одинаково, а на письме постепенно закрепился вариант с «а».

Названия этих поселений восходят к старославянскому слову «ольша» — ольха, дерево из семейства Берёзовые. Значит, село стояло у ольховой рощи или на сырой низине, где любит расти эта порода. Жителям таких мест давали прозвище по названию села: «Альшак» — человек из Альши или Альшева. Со временем прозвище закрепилось за потомками как фамилия, а суффикс -ов добавил значение принадлежности: «сын Альшака».

Фамилия Альшаков образована по той же модели, что и, скажем, Верещагин или Костромин, — от названия населённого пункта. Но в отличие от них, её основа редкая и легко спутать с фамилиями, образованными от тюркских корней (например, от тюркского алшак — «низкорослый»). Однако в случае с Альшаковым топонимическая версия выглядит убедительнее: географические названия с этим корнем плотно документированы, а тюркское слово в русских говорах почти не встречается. Так что, скорее всего, предки носителя этой фамилии — выходцы из белорусского или украинского села, стоявшего у ольховых зарослей.