Фамилия Альшакова — женская форма фамилии Альшаков, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, лёгшем в основу. Наиболее вероятная версия связывает её с тюркским мужским именем Альшак (или Алшак), которое могло быть вариантом имени Алша или производным от корня «ал» — «красный», «алый» в тюркских языках. Имя или прозвище Альшак могло указывать на внешность (румяный, рыжеватый) или на характер (яркий, заметный). В пользу тюркского происхождения говорит и характерный суффикс -ак, который часто встречается в тюркских именах и прозвищах (ср. Кунак, Байрак, Тойгак).

Менее вероятная, но возможная версия — от арабского имени Алишак (уменьшительная форма от Али), которое через тюркское посредничество могло попасть в русскую среду. В этом случае Альшаков — это «сын Алишака», то есть потомок человека, носившего это имя. Однако форма Альшак без гласной «и» в корне встречается реже, поэтому первая версия выглядит правдоподобнее.

Фамилия Альшаков — редкая и имеет ярко выраженную региональную привязку. Основной ареал её бытования — Поволжье, особенно Татарстан и Башкортостан, а также Оренбургская область. Это указывает на то, что предки носителей фамилии, скорее всего, были тюркоязычными крестьянами или мещанами, принявшими православие или сохранившими фамилию после крещения. Суффикс -ов/-ев в фамилии — стандартный русский патронимический суффикс, который добавили к основе при оформлении фамилии по русской модели. В русских документах фамилия могла писаться через «а» (Альшаков) или через «о» (Ольшаков), но современная норма закрепила форму Альшаков.

Таким образом, фамилия Альшакова указывает на тюркские корни и, вероятнее всего, происходит от личного имени или прозвища, связанного с цветом или яркостью. География фамилии надёжно локализует её в Поволжье, где смешение славянских и тюркских культур дало множество подобных фамилий.