Фамилия Альшина в своей основе имеет просторечную форму канонического имени Алексей. Имя Алексей, пришедшее из древнегреческого языка, означает «оберегающий», а в народной среде оно превратилось в Альшу. По этой версии, фамилия образована по стандартной модели: к основе Альш- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). Такой способ словообразования типичен для русских фамилий, возникших из отчеств: Альшина буквально значит «дочь (или жена) Альши».

Существует и менее распространённая гипотеза, связывающая фамилию с еврейским словом «альшиц» — «вдовец». В этом случае прозвище Альша указывало бы на семейное положение предка, но такая версия остаётся спорной. Дело в том, что фамилии с суффиксом -ин в основном характерны для русской ономастики, тогда как еврейские фамилии обычно имеют другие модели образования (например, суффиксы -ович, -зон, -ман). Кроме того, форма «Альша» гораздо органичнее выводится из народного варианта имени Алексей, чем из иноязычного слова.

Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение — происхождение от имени Альша, просторечной формы имени Алексей. Фамилия закрепилась за потомками человека, которого в быту звали именно так, и со временем передавалась по наследству. Сословная принадлежность носителей фамилии могла быть разной: среди крестьян и мещан такие «полуименные» фамилии встречались часто.