Фамилия Амельфин сразу привлекает внимание необычным суффиксом. В русских фамилиях на -ин основа обычно заканчивается на -а или -я (Кузьма — Кузьмин), а здесь мы видим сочетание -фин, которое намекает на иноязычный корень или нестандартное словообразование.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с каноническим мужским именем Амфилохий. В просторечии это длинное греческое имя сильно сокращали: появлялись формы Амфил, Амфел, а в некоторых говорах — Амельфа. От этой народной формы и возникла фамилия Амельфин, то есть «сын Амельфы». Подобные переходы (Филофей → Филя, Амфилохий → Амеля) хорошо известны в русской диалектной антропонимии. Само имя Амфилохий греческого происхождения означает «окружённый засадой» или «сидящий в засаде»; в христианской традиции его носил святитель Амфилохий Иконийский.

Менее убедительна версия от прозвища Амельфа, связанного с глаголом «аметь» (понимать, смыслить) или диалектным словом «амеля» (нерасторопный, мешковатый человек). Если бы фамилия пошла от такого прозвища, мы бы скорее ожидали форму Амелин или Амелькин, а суффикс -фин для чисто славянского прозвища выглядит чужеродно.

Географически фамилия Амельфин редкая, тяготеет к центральным и южным регионам России. Это косвенно подтверждает её книжное, церковное происхождение: имя Амфилохий чаще давали в среде духовенства и крестьян, живших рядом с монастырями. Встречаются варианты написания Амельфов (с привычным суффиксом -ов), но форма на -ин закрепилась как основная.

Носитель фамилии Амельфин, скорее всего, потомок человека, которого в быту звали Амельфой — сокращением от редкого церковного имени Амфилохий. Это не массовая фамилия, а относительно редкий след крестьянской или церковной среды, сохранивший старую народную переделку греческого имени.