Фамилия Амельфин — один из тех редких случаев, когда при разборе сразу бросается в глаза необычный суффикс. Большинство русских фамилий на -ин образовано от основ, оканчивающихся на -а или -я (Иван → Иванов или Иванин, Кузьма → Кузьмин). Здесь же мы видим -фин, что наводит на мысль об иноязычном корне или нестандартном словообразовании.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с каноническим мужским именем Амфилохий. В просторечии это длинное и сложное для произношения имя часто сокращали и переделывали: Амфил, Амфел, а в некоторых говорах — Амельфа. От этой народной формы и могла возникнуть фамилия Амельфин, то есть «сын Амельфы». Подобные переходы (Филофей → Филя, Амфилохий → Амеля) хорошо известны диалектной русской антропонимии. Имя Амфилохий греческого происхождения и означает «окружённый засадой» или «сидящий в засаде» — в христианской традиции его носил святитель Амфилохий Иконийский.

Менее убедительна, но всё же возможна версия от прозвища Амельфа, связанного с глаголом «аметь» (понимать, смыслить) или диалектным словом «амеля» — нерасторопный, мешковатый человек. Однако в этом случае мы бы ожидали форму Амелин или Амелькин, а суффикс -фин выглядит чужеродно для чисто славянского прозвища.

Географически фамилия Амельфин встречается редко, тяготеет к центральным и южным регионам России, что косвенно подтверждает её книжное, церковное происхождение: имя Амфилохий чаще давали в среде духовенства и крестьян, живших рядом с монастырями. Встречаются варианты написания Амельфов (с фамильным суффиксом -ов, что более привычно для русского уха), но форма на -ин закрепилась как основная.

Таким образом, носитель фамилии Амельфин, скорее всего, потомок человека, которого в быту звали Амельфой — сокращением от редкого церковного имени Амфилохий. Это не массовая фамилия, а относительно редкий след крестьянской или церковной среды, сохранивший в себе старую народную переделку греческого имени.