Фамилия Амельяненко — характерный пример украинской фамилии, образованной от крестильного имени. В её основе лежит просторечная форма Емельян (из канонического Емилиан, от латинского aemulus — «соперник»). Украинское произношение смягчило начальный звук: вместо «Емельян» получилось «Амельян» (ср. Амельян вместо Емельян в южнорусских говорах). Суффикс -енко — типичный украинский патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок» (как Иващенко, Тимошенко). Таким образом, Амельяненко — буквально «сын Амельяна».

Модель образования проста и прозрачна: от разговорного имени Амельян через прибавление фамильного суффикса -енко. Такие фамилии массово закреплялись в среде казачества и крестьянства на Левобережной и Слободской Украине в XVII–XVIII веках. Первые носители могли быть реестровыми казаками или мещанами, а сама фамилия указывала на имя отца — Амельяна, которого в документах могли записать и как Емельяна.

Географически фамилия Амельяненко чаще всего встречается в Полтавской, Харьковской, Сумской областях Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в южных регионах России. Встречается и другой вариант написания — Амельянченко, где суффикс -ченко возник из стяжения (Амельян + ченко). Оба варианта — однокоренные и восходят к одному и тому же имени.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладают в центральной России, Амельяненко — маркер украинской антропонимической традиции. Если ваш предок носил такую фамилию, скорее всего, он был выходцем из малороссийских губерний, а его отец (или дед) именовался Амельяном. Никакой тайны или редкого корня здесь нет — перед нами типичная патронимическая фамилия, которая говорит о происхождении от человека с определённым именем.