Фамилия Ананист — редкий случай, когда корень угадывается почти сразу, а происхождение при ближайшем рассмотрении оказывается неочевидным. В основе лежит каноническое имя Ананий, которое пришло на Русь из церковного календаря. В греческом оригинале Анания (Ἀνανίας) восходит к древнееврейскому «Ханания» — «Бог милостив» или «Бог даровал». Однако фамилия образована не через привычные русские суффиксы -ов или -ин, а с помощью суффикса -ист. Именно этот суффикс — ключ к разгадке.

В русской ономастике суффикс -ист почти не встречается в патронимических моделях, указывающих на отца. Зато он широко распространён в южнославянских языках, особенно в болгарском и сербском, где -ист — один из вариантов притяжательного суффикса, аналогичного русскому -ов. То есть Ананист буквально означает «сын Анания» или «человек Анания». Носители фамилии могли прийти из балканских земель или из среды, испытавшей сильное южнославянское влияние, например, из бессарабских болгар или гагаузов. В метрических книгах XIX века фамилию действительно находят среди записей по Херсонской губернии и Бессарабской области — как раз в зоне расселения болгарских колонистов. Встречаются варианты написания Ананистов, Ананистенко, Ананистюк — это следы адаптации под русские и украинские модели. Но сама форма Ананист осталась маркером исходного, «непереоформленного» патронима, который не стали переделывать на местный лад.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с прозвищем от греческого слова «ананистос» — «непрочитанный», «неизученный». В среде духовенства или грамотеев так могли прозвать человека неучёного или того, кто не сдал экзамен. Но эта гипотеза слабее: прозвище с таким корнем не зафиксировано в исторических источниках, а суффикс -ист в русских прозвищах практически не работал. Поэтому основная версия остаётся южнославянской: фамилия Ананист — это прямой отпечаток балканской модели именования, который сохранился в русском контексте как редкое исключение.