Фамилия Ананист — редкий случай, когда корень угадывается почти сразу, а происхождение при ближайшем рассмотрении оказывается неочевидным. В основе лежит каноническое имя Ананий, которое пришло на Русь из церковного календаря. В греческом оригинале Анания (Ἀνανίας) восходит к древнееврейскому «Ханания» — «Бог милостив» или «Бог даровал». Однако фамилия образована не через привычные суффиксы -ов или -ин, а с помощью суффикса -ист.

Именно суффикс -ист — ключ к разгадке. В русской ономастике он почти не встречается в патронимических моделях (указывающих на отца). Зато он широко распространён в южнославянских языках, особенно в болгарском и сербском, где -ист — один из вариантов притяжательного суффикса, аналогичного русскому -ов. То есть Ананист буквально означает «сын Анания» или «человек Анания». Носители фамилии могли прийти из балканских земель или из среды, испытавшей сильное южнославянское влияние, например, из бессарабских болгар или гагаузов.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем от греческого слова «ананистос» — «непрочитанный», «неизученный». В среде духовенства или грамотеев так могли прозвать человека неучёного или того, кто не сдал экзамен. Но эта гипотеза слабее: прозвище с таким корнем не зафиксировано в исторических источниках, а суффикс -ист в русских прозвищах практически не работал.

В документах фамилия Ананист встречается эпизодически. В метрических книгах XIX века её можно найти среди записей по Херсонской губернии и Бессарабской области — как раз в зоне расселения болгарских колонистов. Встречаются варианты написания Ананистов, Ананистенко, Ананистюк — это уже следы адаптации под русские и украинские модели. Но сама форма Ананист осталась маркером исходного, «непереоформленного» патронима.