Фамилия Андоньян — один из ярких примеров армянской фамильной модели, построенной на патронимическом суффиксе -ян (а также его более древних вариантах -янц или -енц). Этот суффикс в армянской ономастике работает как указатель на происхождение: он означает «потомок» или «принадлежащий к роду», что функционально соответствует русским окончаниям -ов/-ев или -ин. Таким образом, Андоньян буквально расшифровывается как «потомок Андона».

Основа фамилии — личное имя Андон. Это краткая или диалектная форма от полного имени Антон (в армянской передаче — Антон, Андо́н). Само имя Антон восходит к римскому родовому имени Antonius (Антоний). В армянском языке имя Антон и его производные — Андо, Андон, Андик — были широко распространены, особенно в западных регионах исторической Армении и в среде армянской диаспоры. Словообразовательная модель здесь прозрачна: личное имя Андон + фамильный суффикс -ян.

Хотя это самая массовая модель армянских фамилий, у неё есть региональные особенности. В Западной Армении (территория современной Турции) и у армян, переселившихся в Крым или на Балканы, нередко встречается форма Андоньянц, где -янц — более древний суффикс, прямо указывающий на происхождение. Вариант Андоньян — это его сокращённая, «облегчённая» версия, которая закрепилась в XIX–XX веках в Российской империи и в советский период. Географически фамилия тяготеет к западноармянскому ареалу: её носители встречаются среди потомков выходцев из городов и сёл Западной Армении, например, из окрестностей Вана, Муша, Себастии. После геноцида армян 1915 года многие носители фамилии оказались в Сирии, Ливане, Франции, а затем и в России, США, Армении.

Стоит обратить внимание на практическую сторону бытования фамилии в русскоязычной среде. В русском языке фамилию иногда склоняют по образцу восточных фамилий (Андоньяна, Андоньяну), хотя по нормам армянского языка она несклоняема. В официальных документах в России фамилию чаще оставляют без изменений, что соответствует правилам для фамилий на -ян. Социальный состав носителей фамилии разнообразен — от ремесленников и торговцев до интеллигенции. Никаких данных о сословной принадлежности предков именно этой фамилии нет, но армянские фамилии на -ян в массе своей не указывают на дворянство или духовенство: это фамилии свободных общинников, ремесленников, крестьян. Если коротко: Андоньян — «потомок Андона», то есть Антона, фамилия армянская, западноармянского происхождения, образованная по самой типичной для армян модели.