Фамилия Андоний происходит от личного имени Андоний, которое, в свою очередь, является вариантом более известного имени Антоний. Это не просто сокращение или диалектная форма — в русской ономастике такие случаи называют «стяжением» корня, когда из полного имени выпадает звук для удобства произношения. Имя Антоний, по распространённой версии, восходит к греческому «anteo» — «вступать в бой, состязаться». Значит, в основе фамилии лежит прозвище или мирское имя, которое дали человеку с боевым или упорным нравом.

Модель образования здесь редкая: фамилия совпадает по форме с исходным именем, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на то, что Андоний — не «сын Андония», а скорее прямое наследование имени в качестве фамильного прозвания. Такое встречается в среде духовенства или в южнорусских и украинских землях, где фамилии часто закреплялись в «чистом» виде, без дополнительных формантов. В церковной среде имя Антоний было особенно почитаемо (преподобный Антоний Великий, Антоний Печерский), и его упрощённая форма Андоний могла закрепиться за выходцами из монашеской или приходской среды.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам бывшей Российской империи, где аканье и редукция гласных в имени Антоний давали формы вроде «Андоний» или «Антоний». Встречаются и однокоренные варианты — Антонов, Антоненко, Антонюк, но Андоний стоит особняком: он сохранил архаичную звуковую форму, которая не приращивала суффиксы. Словник Б. Унбегауна упоминает подобные случаи в разделе фамилий, образованных от канонических имён без изменений, хотя сам Андоний в его перечне не фигурирует — это говорит о редкости фамилии.

Таким образом, предок носителя фамилии Андоний, скорее всего, был человеком, которого в быту звали Андоний (вместо церковного Антоний), и это прозвание закрепилось за его потомками как фамилия. Никаких сложных сословных маркеров здесь нет — фамилия могла возникнуть и в крестьянской, и в мещанской, и в духовной среде, но её форма подсказывает, что закрепление произошло не через отчество, а напрямую, что редко для русской фамильной традиции.