Фамилия Андониев происходит от имени Андоний — народной или региональной формы крестильного имени Антоний. В таком виде имя Андоний чаще всего встречается в Молдавии и соседних странах, что сразу указывает на возможный ареал бытования самой фамилии. Исходное имя Антоний, по распространённой версии, связывают с древнегреческим словом anteo — «вступать в бой, состязаться». Значит, в основе фамилии лежит имя, которое в древности несли люди, чьи родители желали им воинской доблести.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: к основе Андоний добавляется типичный русский патронимический суффикс -ев. Такая модель означает «сын Андония» или «потомок Андония». Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивается на мягкий согласный или й. Это стандартный механизм для фамилий, образованных от имён на -ий.

Редкость фамилии Андониев объясняется тем, что форма Андоний не стала общеупотребительной в русской именной традиции. В центральной России имя Антоний давало фамилии Антонов, Антоньев, Антонин. Вариант на -ев с корнем «Андон» — это скорее локальная особенность, которая закрепилась в фамилии именно в тех местах, где имя бытовало в такой огласовке. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего будут Андонин или Андоничев — они образованы от той же основы, но с другими суффиксами.

Никаких сведений о сословной принадлежности носителей фамилии Андониев нет, и строить догадки здесь не стоит. Можно лишь уверенно сказать, что фамилия — патроним, и её носитель — потомок человека по имени Андоний. В этом смысле этимология проста и однозначна, без сложных прозвищ или ремесленных корней. Главная ценность фамилии — в её географической привязке: она маркирует связь с молдавским или румынским культурным пространством, где имя Андоний сохранилось дольше, чем в великорусских говорах.