Фамилия Андониев — одна из тех, что образована напрямую от личного имени, но с уклоном в южную, молдавскую или румынскую традицию. В основе лежит имя Андоний, которое в русском именослове встречается редко, зато хорошо известно в Молдавии и сопредельных странах. Андоний — это народная, диалектная форма канонического имени Антоний. У славян и романоязычных народов Восточной Европы имя Антоний давало множество вариантов: Антон, Антоша, Антоний, а в молдавском произношении — Андоний.

Само имя Антоний восходит, по наиболее принятой версии, к греческому «антео» — «вступать в бой», «состязаться». Первоначально это было римское родовое имя Antonius, которое греки переосмыслили через близкое по звучанию слово со значением «противоборствующий». Так что Андоний — это не просто имя, а имя с воинственным подтекстом.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Андоний прибавили суффикс -ев (после мягкого согласного). Это типичный патроним: Андониев буквально означает «сын Андония». В русской традиции такие фамилии на -ев закрепились в основном в XIX веке, когда крестьянам и мещанам массово давали фамилии по имени отца.

Географически фамилия Андониев тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи — территориям, где смешивались русское, украинское и молдавское население. В центральных великорусских губерниях имя Андоний почти не встречалось, поэтому носители фамилии, скорее всего, ведут род из Бессарабии, Подолья или Новороссии.

Точную дату возникновения фамилии назвать невозможно: процесс шёл постепенно, и в разных семьях фамилия могла оформиться в разное время — от конца XVII до середины XIX века. Но сам факт, что имя сохранилось в редкой форме Андоний, а не в привычном Антон, делает фамилию любопытным свидетельством региональных языковых процессов.