Фамилия Андроненко отвечает на вопрос «чей сын?» — сын Андрона. Это классический украинский патроним, построенный с помощью суффикса -енко, который в XVI–XVII веках массово присоединяли к именам и прозвищам, чтобы обозначить потомка. Суффикс доминировал на левобережной и центральной Украине, поэтому фамилия особенно характерна для Полтавской, Черниговской, Харьковской и Сумской областей — земель Гетманщины и Слобожанщины.

В основе лежит имя Андрон. Это не самостоятельное каноническое имя, а народная, сокращённая форма от полного Андроник (греч. Andronikos — «победитель мужей», от aner, andros — «мужчина» и nike — «победа»). В святцах имя Андроник присутствует, поэтому оно было привычным в крестьянской и мещанской среде. На бытовом уровне Андрон нередко путали с именем Андрей, но этимологически это разные имена. В церковных записях писарь мог восстановить полную форму и записать фамилию как Андроникенко, но основной вариант остался кратким — Андроненко.

Предок носителя фамилии, скорее всего, принадлежал к непривилегированным сословиям — казакам, крестьянам или мещанам. Патронимы на -енко в те века были массовым явлением именно среди простых людей, а не дворян. В XIX веке, при переписях, фамилия могла попасть под влияние русской канцелярии и записываться как Андроненков, но украинская модель оказалась устойчивее. Для сравнения: русская версия того же корня — Андронов, армянская — Андроникян, а Андроненко чётко маркирует украинское происхождение и связь с конкретным регионом.