Фамилия Андрюнкин — один из тех случаев, когда за типично русским суффиксом скрывается неочевидная, редкая основа. На слух она кажется производной от «Андрюнка» — уменьшительной формы имени Андрей. Но если присмотреться, в русской народной традиции форма «Андрюнка» почти не встречается: Андрея обычно звали Андрюхой, Андрюшей, Андрейкой. Исключение — южные и западные говоры, где «н» в суффиксе могло закрепиться под влиянием украинского или белорусского языка (ср. укр. Андрійко — Андрійченко). Однако есть и другая, более правдоподобная версия.

В основе фамилии может лежать не имя, а прозвище Андрюнка. В диалектах русского севера слово «андрюнка» (или «андрон») фиксировали как шутливое обозначение нерасторопного, простоватого человека. В. И. Даль в своём словаре приводит «андрон» в значении «глуповатый, недалёкий парень». Если это так, то фамилия Андрюнкин — типичное «прозвищное» образование: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Андрюнки). Форма «Андрюнка» могла звучать иронично или насмешливо, а позже закрепилась как семейное имя.

С точки зрения географии, фамилия Андрюнкин — редкая. В дореволюционных переписях она встречается в основном в Вятской и Пермской губерниях, а также на Русском Севере. Это косвенно подтверждает версию о диалектном происхождении: именно в этих краях бытовали слова «андрон», «андрюха» в переносном смысле. В центральных и южных областях России фамилия почти не фиксируется.

Словообразовательная модель проста: корень «андр-» (от греч. Andreas — «мужественный»), редкий суффикс -юнк- (как в фамилиях Карюнкин, Марюнкин — от Карюнка, Марюнка) и фамильный суффикс -ин. Такая цепочка говорит о том, что фамилия сложилась в крестьянской среде, где прозвища часто образовывали не от полного имени, а от уличного варианта. Правописание с «ю» после «р» — ещё одна деталь, отличающая её от более частых Андронкин или Андрюшин.

Спор между двумя версиями — имени-основы и прозвища — решается в пользу второй. Для фамилии Андрюнкин слишком мала вероятность, что имя Андрей дало бы такую редкую уменьшительную форму в активном обиходе. А вот прозвище, закрепившееся за родом, объясняет и редкость фамилии, и её северный след. Носителям фамилии стоит искать корни не в боярских родословных, а в среде вятских или пермских крестьян, где прозвища могли быть нелестными, но меткими.