Фамилия Анохона — редкий случай, когда окончание выдаёт нестандартную модель образования. В русской традиции фамилии на -а, как правило, либо украинского или белорусского происхождения, либо женские по форме. Здесь же перед нами, скорее всего, вариант фамилии Анохин, который подвергся диалектному или канцелярскому искажению. Основа — Аноха, просторечная форма канонического имени Енох (от древнееврейского «ханок» — «освящённый», «посвящённый»). В русском обиходе имя Енох звучало как Анох или Аноха, отсюда и пошла фамилия Анохин.

Форма Анохона могла возникнуть двумя путями. Первый — через патронимический суффикс -он, который в некоторых говорах (например, в северных или сибирских) заменял привычное -ин. Получалось: Аноха → Анохон → «чей?» — Анохона. Второй путь — запись фамилии на слух: при переписи населения писарь мог услышать «Анохона» как родительный падеж от Анохон (в значении «сын Анохона»), но закрепил эту форму как фамилию. Такие случаи встречаются в документах XVII–XIX веков, когда фамилии ещё не устоялись.

Географически фамилия Анохона почти не встречается в современных базах данных, что говорит о её крайней малочисленности. Возможно, она сохранилась в одной-двух семьях в отдалённых регионах — на Урале, в Сибири или среди старообрядцев, где архаичные формы имён и фамилий держались дольше. По сути, это та же фамилия Анохин, но с реликтовым окончанием, которое цепляется за старую словообразовательную норму.

Если сравнивать с однокоренными, то Анохона стоит в одном ряду с Анохиным, Аноховым, Анощенко, Аноховичем. Все они восходят к одному корню — имени Енох, которое в народе переосмыслили как «простак» или «недалёкий человек» (от слова «аноха» в значении «простофиля»). Однако это значение — позднее, бытовое, а не церковное. Первоначально фамилия была патронимической и не несла отрицательной окраски.