Фамилия Анпилов — один из тех случаев, когда церковное имя в народной речи изменилось до неузнаваемости. В её основе лежит просторечная форма Анпил, которая возникла от канонического имени Амфилохий. В говорах звук «м» перед «п» часто заменяли на «н» — так язык приспосабливал непривычное греческое слово к своему произношению. Получилось короче и удобнее: вместо четырёх слогов — два.

Само имя Амфилохий имеет древнюю историю. В греческой мифологии его носил прорицатель Амфилох, участник похода на Трою. По одной из версий, имя восходит к двум греческим корням: amphi — «вокруг» и lochos — «засада». В христианской традиции имя закрепилось благодаря святым, но в быту, особенно в крестьянской среде, его продолжали переделывать на свой лад. Отсюда и возникли варианты Анфил, Анпил.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Анпил добавили патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность к отцу. Анпилов буквально означает «сын Анпила». Такая модель была самой распространённой в XVI–XVII веках, когда фамилии закреплялись за крестьянами и посадскими людьми.

Среди однокоренных фамилий — Анфилов, Анпилогов, Анпилогов. Все они восходят к тому же имени, но в разных местных вариантах. Например, Анпилогов — это форма с суффиксом -огов, которая встречается в южнорусских и украинских говорах.

Встречаемость фамилии Анпилов невысокая, но она устойчиво фиксируется в центральных и южных областях России. Наиболее известный носитель — политик Виктор Анпилов, что делает фамилию узнаваемой, хотя её происхождение остаётся чисто народным, без связи с дворянскими родами.