Фамилия Анучин — это не что иное, как «акающий» вариант фамилии Онучин. В говорах, где вместо «о» произносили «а», прозвище Онуча превратилось в Анучу, а от него пошла и фамилия. Так что Анучины и Онучины — родственники по происхождению, разошлись только из-за диалекта.

В основе лежит слово «ону́ча» — длинная полоса ткани, портянка, которой обматывали ногу перед тем, как надеть лапоть или сапог. Прозвище Онуча (а значит, и Ануча) в крестьянской среде было говорящим. Чаще всего его давали лапотнику, бедному мужику, чьи «сборы — онучи да оборы», то есть добра — всего ничего. Но могло оно пристать и к человеку нерадивому, неряшливому: «онучами» в переносном смысле называли и разбитую, разношенную обувь, опорки.

Историк С. Б. Веселовский в своих работах по ономастике фиксирует реальных носителей этого прозвища: Семён Иванович Онуча Данилов живёт в первой половине XVI века; Онучины во второй половине XVI века и позже встречаются в Нижнем Новгороде, а в 1565 году — в Казани; конец XVI—XVII века — в Арзамасе. География показывает, что прозвище было распространено в центральных и поволжских землях.

Простая модель образования: прозвище Ануча (Онуча) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — «сын Анучи». Фамилия получилась короткая, ёмкая и, в отличие от многих других, почти не даёт простора для альтернативных версий. Спорить тут не о чем: корень прозрачный, а аканье — известный механизм.

Самый известный носитель фамилии — Дмитрий Николаевич Анучин (1843–1923), учёный-энциклопедист: антрополог, этнограф, археолог и географ. Академик с 1896 года, почётный член Петербургской Академии наук с 1898-го. Его имя осталось в науке, но по происхождению его фамилия — та же самая, крестьянская, от портянки и лаптя.