Фамилия Апоап стоит особняком в русской ономастике: в ней нет привычных фамильных суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский), а основа не похожа ни на славянское имя, ни на прозвище, ни на ремесло. Это сразу указывает на то, что перед нами не древняя русская фамилия, а позднее образование — книжное, канцелярское или случайное. Самое вероятное объяснение лежит в сфере семинарских фамилий, которые в XVIII–XIX веках давали воспитанникам духовных училищ. Семинаристы нередко получали фамилии по библейским топонимам, именам античных героев или переводу мирской фамилии на латынь или греческий. Апоап могло возникнуть от греческого «апо» (от, из) в сочетании с корнем, связанным с «апостол» (посланник) или «апейрон» (бесконечное), но слабое место этой версии — отсутствие устойчивого греческого слова «апоап».

Более правдоподобно, что фамилия — результат искажённой записи. Писарь мог записать её на слух, не разобрав произношения. Например, малороссийская фамилия Апостол (от прозвища, которое давали грамотею или церковному чтецу) в некоторых говорах из-за редукции согласных могла звучать как «Апоап». Или же исходной была фамилия Апонин (от имени Апполон), которую при переписи сократили до Апоап. Географически такие фамилии встречаются единично в южных губерниях Российской империи, где была сильна греческая диаспора и влияние церковных школ.

Другая, менее вероятная гипотеза — тюркское происхождение. В некоторых тюркских языках есть корень «ап» (старший, уважаемый) и аффикс «-ап», образующий личные имена. Но в этом случае фамилия должна была бы сохраниться в среде тюркских народов, а не в русских записях. Поскольку достоверных сведений о носителях фамилии Апоап в исторических источниках почти нет, можно с уверенностью сказать лишь одно: это не древняя русская фамилия, а позднее, книжное или случайное образование, скорее всего, связанное с духовным сословием или ошибкой писаря.