Фамилия Арапханов — редкий пример, где в одной основе встретились два разных этнических маркера. Её ядро — слово «арап», которое в русском языке до XVIII века обозначало не жителя Аравии, а темнокожего человека, чаще всего выходца из Африки. Второй корень, «хан», указывает на тюркский или монгольский титул верховного правителя. Такое сочетание на первый взгляд кажется противоречивым, но на деле объясняется просто.

Скорее всего, фамилию образовали от прозвища Арапхан. В русской среде «арапами» называли не только реальных африканцев, но и смуглых, черноволосых людей, а также тех, кто служил при господах в качестве «арапчонка» — мальчика-слуги экзотической внешности. Прозвище с титулом «хан» могли дать человеку с тёмной кожей или густыми чёрными волосами, который вёл себя властно, командовал. Не исключён и ироничный подтекст: «арап, возомнивший себя ханом». В тюркской среде слово «арап» тоже было известно (в значении «негр» или «араб»), и там его могли соединить с «ханом» для усиления — «хан арапов» или «арабский хан».

Суффикс «-ов» типичен для русских фамилий и указывает на принадлежность: Арапханов — сын Арапхана. Фамилия могла появиться как в русских служилых семьях, где предок носил такое прозвище, так и среди крещёных татар или народов Кавказа, где тюркские и арабские имена смешивались с русской моделью фамилеобразования. Географически Арапхановы встречаются в Дагестане и Чечне, что подтверждает версию о тюрко-кавказском происхождении: там слово «арап» входило в состав личных имён, а «хан» был обычным компонентом.

В отличие от фамилий вроде Арапов или Ханбеков, Арапханов не даёт однозначного ответа о национальности предка. Это гибрид, возникший на стыке культур: русские фамильные суффиксы наложились на тюркские прозвища, а внешность или род занятий человека закрепились в имени с высоким титулом. Прямых документальных свидетельств о первых носителях нет, но словообразовательная модель подсказывает: предок был заметным человеком — либо по цвету кожи, либо по характеру.