Фамилия Аратин — редкая и неочевидная. В ней нет привычного русского суффикса -ов, -ев или -ин, что сразу указывает на её возможное нерусское происхождение или на то, что она прошла через сильное искажение при записи.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от географического названия. Основа «арат» встречается в топонимике: есть река Аратин в Испании, но для русской фамилии логичнее искать на Кавказе или в Закавказье. В Грузии и Армении есть сёла и урочища с похожими названиями (например, Арати или Аратин). Суффикс -ин в русском языке часто присоединялся к основам на -а, -я, указывая на принадлежность: «чей?» — Аратин, то есть «сын человека из Арати» или «выходец из местности Арати». Так могли записать выходца из кавказского села, который перебрался в центральную Россию, или же священника, получившего фамилию по названию прихода.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с тюркским словом «арат» — так называли скотовода-кочевника в Монголии и Туве. Однако в таком случае фамилия скорее звучала бы как Аратов (по модели «кто?» — Арат, «чей сын?» — Аратов). Форма Аратин с окончанием -ин для тюркской основы нетипична, если только она не пришла через украинское или белорусское посредничество, где суффикс -ин более распространён.

В русском дворянстве и купечестве фамилия не зафиксирована. Вероятнее всего, Аратины — это потомки крестьян или мещан, переселившихся с южных окраин империи. Из-за редкости фамилии все её носители, скорее всего, связаны дальним родством, хотя подтвердить это без генеалогического исследования сложно.