Фамилия Арефин образована от мужского канонического имени Арефий. Это имя имеет спорное происхождение. По самой распространённой версии, оно восходит к арабскому корню со значением «пахать, возделывать землю», что делает имя Арефий близким по смыслу к слову «земледелец». Согласно другой гипотезе, в основе лежит греческое слово, которое переводят как «доблестный» или «добродетельный». В православных святцах имя Арефий встречается редко, поэтому фамилия Арефин не относится к массовым.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе Ареф- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В буквальном смысле Арефин — это «сын Арефия» или «человек из рода Арефия». Такая модель характерна для фамилий, которые возникли в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках.

О точном месте и времени появления фамилии Арефин сейчас говорить сложно: процесс формирования русских фамилий был длительным и неравномерным. Однако можно предположить, что предки современных Арефиных были либо крестьянами-землепашцами (если исходить из арабской версии значения имени), либо происходили из духовного сословия, где канонические имена давали чаще, чем в других слоях общества.

Фамилия встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вятской и Костромской губерниях. Встречаются также варианты написания: Арефьев (от более полной формы имени Арефий через суффикс -ев) и Арефьин. Арефин — более редкая и архаичная форма, сохранившая исходный звуковой облик имени без перехода «фь» в «ф».