Фамилия Арнаполин — редкий пример того, как русская фамилия хранит память о чужеземном происхождении предка, но через русскую словообразовательную модель. Её основа — «арнаполит» — в XIX веке обозначала греческого или албанского солдата на османской службе, а также, шире, выходца из Албании или Эпира (от турецкого «арнавут» — албанец). В русском языке это слово закрепилось благодаря балканским войнам и контактам с южными славянами: «арнаполит» означало и «албанец», и «наёмник-христианин» из этих земель.

Фамилия образована по стандартной модели «-ин» от прозвища Арнаполит. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Арнаполита». Такая форма типична для русских фамилий, возникших из прозвищ, называющих национальность или род занятий (ср. Грек, Греков; Турок, Туркин). Здесь важно, что прозвище не тюркского, а греко-балканского круга, что делает фамилию маркёром миграционных потоков.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии — не этнический албанец, а грек-эпирот или южный славянин, служивший в турецких войсках, либо беженец с Балкан, оказавшийся в России в XVIII–XIX веках. Фамилия могла закрепиться в среде донских или кубанских казаков, которые активно контактировали с греческими и албанскими переселенцами. Другая, менее вероятная версия — искусственное происхождение в семинарской среде, где ученикам давали фамилии по экзотическим народам, но для Арнаполина нет прямых свидетельств.

В написании фамилия устойчива: ударение, скорее всего, падает на третий слог (Арнапо́лин). Вариант с двумя «п» (Арнапполин) встречается в документах, но редок и не меняет значения. Фамилия не имеет отношения к «арнаутке» (сорт пшеницы) — это народная этимология, не подтверждённая исторически.

Сегодня Арнаполины встречаются в основном на юге России и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает балканский след. Фамилия не входит в число распространённых, но её уникальность — в прямом указании на конкретную этническую и социальную нишу, почти стёртую временем.