Фамилия Арнаута — одна из тех, где за основу взято не личное имя или ремесло, а этноним, который со временем изменил значение. Исходное слово «арнаут» в старину означало албанца. Позже, в период русско-турецких войн, так называли солдат пограничных турецких войск, и слово приобрело бранный оттенок: злой человек, басурман, нехристь. Именно это прозвище, скорее всего, и легло в основу фамилии.

Словообразовательная модель проста: фамилия образована от прозвища Арнаут с помощью типичного для украинских и южнорусских фамилий суффикса ‑а. Такая модель указывает на то, что предок носителя фамилии был известен как Арнаут — либо по происхождению, либо по характеру. В русской традиции чаще встречается форма на ‑ов (Арнаутов), а вариант Арнаута тяготеет к западнорусским и малороссийским говорам.

В истории фамилия Арнаутов зафиксирована довольно рано. В трудах ономаста С. Б. Веселовского упоминаются: Афанасий Дмитриевич Арнаутов, получивший поместье в Угличе в начале XVII века, а также Василий Андросович и Мялонд Иванович Арнаутовы, отмеченные в 1612 году в Болхове. Известен древний русский дворянский род Арнаутовых, владевший поместьями в Орловском уезде уже в конце XVI века и происходящий от Анисима Мартыновича Арнаутова. Этот род был записан в VI часть родословной книги Ярославской губернии.

Таким образом, фамилия Арнаута — это не просто этническая метка, а прозвище, которое могло отражать как реальное происхождение предка из албанских или турецких земель, так и его суровый, «нехристианский» нрав в глазах окружающих. Учитывая ранние дворянские корни однофамильцев, носитель фамилии вполне мог происходить из служилых людей, получивших поместья за службу на южных рубежах России.