Фамилия Арнауте — редкая в русском контексте, и её происхождение почти наверняка уводит нас в южные регионы Восточной Европы. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ев или -ин, окончание -е здесь выдает западную или южнославянскую огласовку, характерную для молдавской, румынской или украинской традиции. Основа же фамилии — «арнаут» — имеет прозрачную, но неоднозначную историю.

Слово «арнаут» в русском языке XVIII–XIX веков обозначало албанца. В Османской империи так называли особые отряды албанских наемников, известные своей воинственностью. В Новороссии и на Балканах это слово закрепилось за выходцами из Албании, которые селились в причерноморских степях, часто неся службу в пограничных войсках. Соответственно, фамилия Арнауте — это этническое прозвище: предок носителя фамилии мог быть албанцем, либо его так прозвали за смуглую внешность или крутой нрав, напоминающий наемника.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В Молдавии и на юге Украины «арнаутами» называли не только албанцев, но и болгар, переселившихся из турецких владений и несших военную службу. В Бессарабии существовали целые села, основанные арнаутами, и фамилия могла закрепиться за человеком, чья семья происходила из такого поселения. Суффикс -е в окончании (Арнауте вместо Арнаут) типичен для румынской и молдавской антропонимии: так оформляли фамилии, чтобы обозначить принадлежность к роду или местности.

Социальный контекст фамилии — преимущественно казачий и военно-земледельческий. Арнаутские полки и отряды были известны в русской армии, особенно при Потемкине, и их рядовые после службы оседали на земле. Поэтому предки носителей фамилии Арнауте с высокой вероятностью были либо пограничными стрельцами, либо вольными хлебопашцами в Новороссии, а не крепостными крестьянами центральных губерний. Географически фамилия встречается в основном в Одесской области, Молдове и на Балканах, в русских же переписях она остается редким исключением.