Фамилия Арнаутовы — одна из тех, что образована от прозвища, а не от крестильного имени. Основа здесь — слово «арнаут». В старину арнаутами называли албанцев, а позже — солдат пограничных турецких войск. Во время русско-турецких войн у этого слова появился и бранный оттенок: «злой человек», «басурман», «нехристь». Так могли прозвать человека с крутым нравом или того, кто внешне или по поведению напоминал чужака.

Модель образования фамилии простая и типичная для русского Севера и центральных областей: прозвище Арнаут плюс суффикс принадлежности -ов. Фамилия отвечает на вопрос «чей?» — то есть сын, потомок Арнаута.

Известно, что фамилия эта не простонародная, а дворянская. В конце XVI века Арнаутовы уже владели поместьями в Орловском уезде. Родоначальником считают Анисима Мартыновича Арнаутова. Род записан в VI часть родословной книги Ярославской губернии — это часть, куда вносили древние дворянские роды, чьё дворянство доказывалось до 1685 года. В начале XVII века в Угличе получил поместье Афанасий Дмитриевич Арнаутов, а в 1612 году в Болхове упоминаются Василий Андросович и Мялонд Иванович Арнаутовы.

Таким образом, фамилия Арнаутовы — не случайное прозвище, а маркер старинного служилого рода, уходящего корнями в допетровскую эпоху.