Фамилия Арнауту — редкий случай, когда географическая метка превратилась в родовое имя и сохранила свою исходную форму почти без изменений. Её основа — этноним «арнаут», которым в Османской империи называли албанцев, а позже — наёмных солдат-христиан на Балканах. В русский язык слово попало через турецкое посредничество и бытовало в причерноморских и южных регионах, где оседали выходцы с Балкан. В Молдавии и на юге Украины арнаутами называли целые слободы, заселённые албанцами и греками, бежавшими от турок. Так что первый носитель фамилии с высокой вероятностью сам был арнаутом или происходил из такой среды.

Самое примечательное в фамилии — суффикс «-у». В русской фамильной системе он встречается редко и выбивается из ряда типичных -ов, -ин или -ский. Это сразу выдаёт: фамилия сформировалась не в великорусской среде, а в молдавском или украинском языковом ареале. Суффикс -у (как в фамилиях Кожухарю, Попеску) характерен для молдавской ономастики. Арнауту — не русифицированная, а «законсервированная» в своей исходной форме фамилия, которую записали так, как слышали в говоре: «Арнаут» плюс посессивный суффикс, означающий «принадлежащий арнауту» или «из рода Арнаутов».

Сравнение с более частотной фамилией Арнаутов только подчёркивает региональную привязку. Арнаутов мог появиться в любой части империи, где служили или селились балканские переселенцы. А Арнауту — маркер конкретной территории: Бессарабии, Буковины, Одесщины. В этих краях фамилия могла закрепиться за потомками греческих или албанских колонистов, которые в XVIII–XIX веках получали земли и несли пограничную службу.

Споров вокруг происхождения почти нет. Иногда фамилию ошибочно связывают с румынским словом «arnăut» (упрямый, норовистый), но это вторичное, переносное значение, возникшее из того же этнонима. Первичное значение — указание на происхождение или род занятий предка. Кем он был? Скорее всего, военным поселенцем, наёмным стражником или торговцем, переселившимся с Балкан. Фамилия звучит как краткая биография, записанная в паспортную книгу два века назад.