Фамилия Аршакова — женская форма фамилии Аршаков, и её разговорная основа — ключ к пониманию того, кем могли быть предки. В отличие от распространённых Арсеньевых, эта фамилия родилась не от полного церковного имени, а от его обиходного, «домашнего» варианта. Скорее всего, Аршак — это народная переделка крестильного имени Арсений (от греческого «мужественный»). Произошло упрощение, типичное для живой речи: «Арсений» превратилось в «Арсен», а затем, под влиянием акающего произношения и замены «с» на «ш», — в «Арша». Суффикс -ов встраивает эту основу в классическую русскую патронимическую модель: Аршаков буквально означает «сын Аршака».

Существует и восточная версия, связывающая фамилию с именем Аршак из династии армянских Аршакидов или с осетинским личным именем (уменьшительное от Арсен). Однако для русской фамилии на -ов такое происхождение нетипично: заимствованные имена обычно давали прозвища, а не сразу образовывали отчества. Поэтому версия с народной переделкой Арсения выглядит убедительнее и подтверждается географией. Фамилия Аршаков (и Аршакова) тяготеет к южным и центральным областям России — Воронежской, Ростовской, Волгоградской, где акающий говор и упрощение сложных имён были в порядке вещей.

В дореволюционных документах носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами: фамилии на -ов в этих сословиях закреплялись массово после отмены крепостного права. Для генеалога фамилия Аршаков — ценная подсказка: она говорит, что предка в быту звали не официально Арсением, а попросту — Аршак.