Фамилия Атякина — женская форма фамилии Атякин. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Атяка. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Атякин — сын или потомок человека по имени Атяка. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образуются от имён на твёрдый согласный, суффикс -ин характерен для основ, оканчивающихся на -а или -я.

Корень «Атяк» — неочевидный. Самая правдоподобная версия связывает его с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «атяк» (или «атака») может означать «отцовский», «родной», либо быть уменьшительной формой от «ата» (отец). В русских говорах Поволжья и Урала, где исторически было сильное тюркское влияние, такие прозвища давали человеку, который был похож на отца, либо младшему сыну, которого ласково называли «отцовым». Вторая, менее распространённая версия — связь с диалектным русским глаголом «атякать», то есть невнятно говорить, мямлить. Тогда прозвище Атяка мог получить неразборчивый в речи человек. Но эта гипотеза слабее: глагол редкий и локальный, а тюркская основа встречается в фамилиях гораздо чаще.

Однокоренные фамилии — Атяков, Атягин, Атяев. Они различаются суффиксами, но корень, скорее всего, один. Атякины встречаются в документах XVII–XVIII веков на территории бывшего Казанского ханства — в Казанской, Симбирской и Вятской губерниях. Это косвенно подтверждает тюркскую версию: фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или чувашей, перешедших в православие и получивших русскую фамилию по отцу. Сословно предки Атякиных, вероятно, были государственными крестьянами или однодворцами, а не дворянами — фамилия не фиксируется в родословных книгах.

Споров вокруг фамилии немного: основная дискуссия — тюркский корень или славянский диалектизм. Склоняемся к первому, потому что география бытования и модель прозвища (ласкательное от «отец») типичны для восточно-русского пограничья.