Фамилия Атякшев образована от дохристианского эрзянского имени Атякш. В переводе с эрзянского языка это слово означает «петух». Имена, данные по названиям птиц и животных, — обычная практика у многих финно-угорских народов. Родители, называя сына Атякшем, верили, что ребёнок перенимает качества, которые приписывались этой птице: в традиционной культуре мордвы петух считался хранителем от нечистой силы, символом света, добра и красоты.

Менее вероятно, что в основе фамилии лежит прозвище Атякш. Его мог получить человек вспыльчивый, задиристый, по поведению напоминающий драчливого петуха. В любом случае потомка обладателя имени или прозвища Атякш стали записывать как Атякшевых — по типичной русской модели на -ев, которая присоединяется к основам, оканчивающимся на шипящий или мягкий согласный.

Фамилия редкая и имеет чёткую этническую привязку к территории расселения эрзи — главным образом к современной Мордовии, а также к соседним областям (Нижегородская, Пензенская, Ульяновская, Самарская). В русских документах фамилия фиксируется с XVIII–XIX веков, когда за мордовскими крестьянами и служилыми людьми стали закреплять фамилии по отцу. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна по русским фамилиям) относят эту модель к типично русским по форме, но по происхождению — к субстратным, финно-угорским.