Фамилия Аутин — редкий пример, где география и личное имя могли сойтись в одной точке. Самая вероятная версия связывает её с чешским городом Аута (по-чешски — Уштик, известен с XII века, находится в Богемии). Фамилию получил выходец оттуда: типичная модель «название места + суффикс -ин» означала «сын человека из Ауты». Происхождение самого топонима Аута среди учёных спорное, но для носителя фамилии это не так важно — главное, что предок, скорее всего, был переселенцем из Чехии.

Но есть и другая, не менее интересная линия. Аутин могло возникнуть и напрямую от имени Аутин — французской формы латинского Августин («полезный, нужный, способный»). Во французском языке это имя звучит одинаково с двумя прозвищами: Hautin («заносчивый, надменный») и Hottin («корзинщик, тот, кто делает или продаёт корзины»). Таким образом, фамилия могла прийти в русскую среду через польское или немецкое посредничество, где французское имя или прозвище закрепилось как основа.

Суффикс -ин однозначно указывает на русскую модель образования: он отвечает на вопрос «чей?». То есть, независимо от того, брали ли за основу город, имя или прозвище, фамилия Аутин означает «принадлежащий Ауте» или «сын Аутина». В русских говорах фамилия редкая, её концентрация невысока, что подтверждает версию о единичном переселении или о заимствовании через западные регионы Российской империи.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет — это выделяет Аутина на фоне типичных «географических» фамилий вроде Вязьмин или Калугин. Встречается также вариант ударения на первый слог (А́утин), что может указывать на сохранение иноязычного акцента в произношении.