Фамилия Аутин — одна из тех, где за простой русской формой скрывается несколько возможных корней, и ни один из них не лежит на поверхности. Сразу бросается в глаза суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от названий, прозвищ или имён, оканчивающихся на -а или -я. Значит, в основе лежало слово «Аута» — личное имя, прозвище или географическое название.

Самая неожиданная версия ведёт нас в Чехию. Есть город Аута (по-чешски — Уштик, известный с XII века), расположенный в Богемии. Если предок носителя фамилии был выходцем оттуда, на русской почве его могли прозвать «Аута» — по названию родного места. Такая модель (прозвище по городу → фамилия с суффиксом -ин) встречается, хоть и реже, чем прозвища по ремёслам.

Другая версия — личная. Имя Аутин могло быть русской адаптацией французского Aubin, которое восходит к латинскому Augustinus («Августин», то есть «полезный, способный»). Но во французском языке это имя звучит одинаково с прозвищами Hautin («заносчивый, надменный») и Hottin («корзинщик»). Сложно сказать, какой из этих смыслов попал в основу фамилии, но вариант с «корзинщиком» выглядит бытовым и правдоподобным для прозвища.

Важно, что перед нами не дворянская и не крестьянская фамилия в привычном сословном смысле — скорее всего, она принадлежала людям из посадской или служилой среды, которые могли контактировать с иноземцами или переселиться из западных земель. Спор об этимологии здесь не решён однозначно, и это нормально: фамилия Аутин — редкий случай, когда славянская форма скрывает и чешский топоним, и французское имя.