Фамилия Авароена — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с именем собственным, но не с тем, что можно было бы ожидать. На первый взгляд, она звучит как искажённое «Авароэн» или «Авароен», напоминая фамилии из Прибалтики или скандинавского региона. Однако если присмотреться к структуре, становится заметно, что перед нами, скорее всего, результат искусственного или позднего происхождения — в русской традиции такие окончания нехарактерны.

Вероятнее всего, фамилия Авароена не имеет исконно славянских корней. Её основа «Аваро» может восходить к имени или прозвищу, связанному с древним народом аваров (обров в древнерусских летописях). В таком случае фамилия могла быть присвоена потомку человека, которого прозвали «авар» или «обрин» — либо за внешнее сходство с представителями этого кочевого племени, либо за какой-то характерный поступок. Суффикс «ен» (с окончанием «а») указывает на возможное финно-угорское или эстонское влияние: в эстонском языке фамилии на -ен нередки, а окончание «а» могло возникнуть при русификации или записи в женском роде.

Другая, менее вероятная версия — топонимическое происхождение. В Европе есть несколько населённых пунктов с корнем «Авар» (например, Авария в Дагестане, но это другой случай), однако фамилия с таким окончанием могла возникнуть у выходцев из региона, где было распространено имя Авар или Аваро. Учитывая редкость фамилии, носители Авароена, скорее всего, принадлежали к небольшой локальной группе, возможно, обрусевшим эстонцам или немцам, либо потомкам иностранных специалистов, приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках.

Из-за отсутствия массовых данных и упоминаний в исторических документах точное значение фамилии остаётся предметом догадок. Можно с уверенностью сказать лишь одно: это не типичная русская фамилия, а скорее результат межнационального контакта, где исходное имя или прозвище было переработано по неславянской модели.