Фамилия Авдошкин образована от обиходной формы Авдошка — так в быту называли человека, носившего церковное имя Авдий. Само имя Авдий пришло из древнееврейского языка и означает «служащий Богу». В православной традиции известны два святых покровителя этого имени: мученик Авдий Персидский (память 18 сентября) и пророк Авдий (2 декабря), один из 12 малых пророков, оплакивавший гибель Иудеи и предсказывавший падение идумеян.

На Руси верили, что имя, данное в честь святого, устанавливает незримую связь с его судьбой: одни родители надеялись на светлую долю для ребенка, другие, напротив, готовились к трудному пути. Так или иначе, имя Авдошка стало прозвищем, а затем легло в основу фамилии по типичной русской модели: к основе на -а добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Авдошкин, то есть сын, потомок Авдошки).

Модель образования фамилии — патронимическая, самая распространенная в северных и центральных областях России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин чаще встречался у тех, чье родовое имя оканчивалось на -а или -я. Это позволяет предположить, что предки Авдошкиных жили в местности, где была сильна традиция именно такого словообразования, и их родоначальника в быту звали именно Авдошкой, а не полным церковным именем Авдий.