Фамилия Бабанины образована от прозвища Бабаня, которое в русских говорах часто означало «бабушка». Скорее всего, так называли ребёнка, который жил с бабушкой, был её любимцем или воспитывался ею. Форма Бабанин — это притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: «чей сын?» — «Бабанин». Со временем оно закрепилось как фамильное имя.

По модели образования фамилия Бабанины относится к самому распространённому типу русских фамилий — с суффиксом -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность к конкретному человеку: так же появились Пушкин, Головин или Кузьмин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён и прозвищ на твёрдый согласный, суффикс -ин характерен для основ, оканчивающихся на -а/-я.

Интересно, что слово «бабаня» в некоторых диалектах могло относиться не только к бабушке. В южнорусских и украинских говорах так иногда называли повитуху или просто пожилую женщину. Однако наиболее логичное объяснение прозвища — «бабушкин внук» или «бабушкин любимец».

Географически фамилия Бабанины встречается в разных регионах, но заметна концентрация в южных и центральных областях России, где диалектное слово «бабаня» было особенно употребительным. О точном месте возникновения фамилии сейчас говорить сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве фамилий шёл несколько столетий, и одни и те же прозвища могли независимо появляться в разных местностях.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бабанов, Бабушкин, Бабин — показывает, что все они образованы от родственных корней, но разными суффиксами. Фамилия Бабанины выделяется тем, что в основе лежит уменьшительно-ласкательная форма «бабаня», а не нейтральное «баба» или «бабушка».