Фамилия Баборин образована от прозвища или нецерковного имени Бабора. В её основе лежит диалектное слово «бабора» — так в некоторых русских говорах называли бабочку, мотылька. Человек мог получить такое прозвище за лёгкость, суетливость или пёструю одежду. Менее вероятна, но возможна связь с другим значением того же слова — «пустая болтовня, вздор»; в этом случае прозвище могло закрепиться за говорливым человеком.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Баборин буквально означало «сын Баборы» или «человек из семьи Баборы». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Фамилия фиксируется преимущественно в центральных и северных областях России, в частности в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалект «бабора» был особенно распространён.

В ономастике фамилия Баборин не относится к числу древних боярских или княжеских родов. Скорее всего, она возникла в крестьянской или мещанской среде не позднее XVII века, когда фамилии на -ин массово закреплялись за простыми людьми. Однокоренные фамилии — Бабочкин, Бабошин, Бабонин — имеют сходную семантику, но различаются суффиксами и диалектной базой.

Спорных версий происхождения у этой фамилии немного. Иногда её пытаются связать с тюркским словом «баба» (отец, дед) или с именем Баба — сокращением от Вавила, но это маловероятно: суффикс -ин при тюркской основе дал бы фамилию типа Бабаев, а не Баборин. Наиболее убедительным остаётся объяснение через севернорусское «бабора» — бабочка.